有些论文除了有实用性成果如产品、数据库软件等之外，也有深入的理论分析。
有些研究工作已在国际刊物上发表了论文，或参与了国际会议交流。在清华大学召开的对工程硕士论文质量的调研会上，大多数专家认为这批论文质量不低于在校就读的工程类型的工学硕士论文。
工程硕士生一般应于第三学期末或第四学期初，在导师的指导下确定研究方向，通过查阅文献、收集资料和调查研究确定研究课题，并在第四学期开学后一个月内完成开题报告。开题报告须在由本学科和相关学科专家参加的论证会上，就课题的研究范围、意义和价值、拟解决的问题、研究方案和研究进度作出说明，并进行可行性论证，经认可后方能进行课题研究。
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